Photo: Fasilitas NGS NextGenSequencing di NCI by National Cancer Institute on Unsplash

Maksudnya Bermasalah?

Secara statistik, Indonesia dengan volume lalu lintas tinggi (rute penerbangan Indonesia Cina) seharusnya jumlah yang terdeteksi lebih dari 2. Dan 2 pasien COVID19 itupun terdeteksi ketika mereka berdua sendiri secara sukarela meminta untuk diperiksa. Apa yang memotivasinya, karena mereka mendapatkan kabar bahwa salah satu teman mereka yang pulang ke Malaysia ternyata positif SarsCov2 alias mengidap COVID19. Hal ini menjadi catatan bagi kinerja sistem surveilans kita, bahwa seandainya mereka tidak menyampaikannya, Indonesia mungkin masih Zero COVID19.

Lalu apa kira-kira masalahnya?

Dari sisi Laboratorium dan Staf teknis, Litbangkes kita oke banget. Nah, sorotan ke lab terbaik pun bisa terjadi, bukan karena salah Lab atau personnel nya, tapi mungkin --setelah saya pikir2 lagi-- kita coba eksplorasi kemungkinan berikut.

1. Reagens Kit Deteksi

Kita menggunakan dari Amerika. Kitnya, kit boleh gunakan dari mana aja, tapi kita gunakan dari Amerika," ujar Terawan
Informasi bahwa kit yang digunakan oleh Litbangkes berasal dari Amerika disampaikan Menkes menanggapi studi dari Harvard School of Public Health. Pertanyaannya sekarang, kit dari Amerika itu identitasnya apa? Identitas kit ini penting, karena ada banyak sekali produser kit diagnostik dari Amerika, termasuk kit yang didistribusikan oleh CDC (Center of Disease Control) Amerika.

Masalahnya, kit dari CDC Amerika, beberapa hari lalu menjadi sorotan oleh berbagai laboratorium di Amerika sendiri karena tidak puas dengan kinerja kit ini!

Apa masalahnya?

Masalahnya adalah di komponen kit yang disebut sebagai 'Negative Controls'. Ketika melakukan deteksi PCR, kami menggunakan minimal 3 macam reagen kontrol untuk memastikan tidak adanya hasil tes 'Positif Palsu' atau 'Negatif Palsu'.

Positif palsu adalah hasil yang menyatakan ditemukan virus, padahal faktanya tidak ada.

Negatif palsu adalah hasil yang menyatakan tidak ditemukannya virus, padahal faktanya ada.

Dalam konteks layanan publik ini menjadi bencana karena bisa menggiring ke arah kebijakan yang salah arah.

Oleh karena itu sangat dinanti laporan dalam format publikasi ilmiah dari litbangkes yang secara detil menjelaskan metode apa yang digunakan termasuk informasi mengenai kit apa dan darimana yang digunakan selama ini. Sebagai peneliti, saya sebenarnya tidak menyukai kit karena harganya cenderung mahal. Kita bersyukur bahwa kunci identitas dari virus ini sudah dipublikasikan bahkan primer (pelacak untuk deteksi virus) itu sudah dipampangkan di situs WHO. Artinya, kita bisa merakit kit sendiri.

Namun masalah kit itu bukan merakit kit, tetapi menguji apakah kit yang kita rakit sendiri itu bisa diandalkan, menghindari positif palsu atau negatif palsu. Di sinilah perlu adanya validasi yang memerlukan "material referensi".

Apa itu material referensi? material ini seperti anak timbangan yang terstandar. jadi kalau kita punya timbangan, kita harus kalibrasi timbangan itu dengan anak timbangan yang juga terstandar atau terlacak referensinya. Artinya, anak timbangan itu sudah dicek bahwa 1 kg itu memang sudah dicek 1 kg oleh lembaga yang otoritatif (sehingga bisa dipakai sebagai referensi).

Maka apapun kit yang dipakai, pastikan sudah dicek keakuratannya menggunakan material referensi tersebut. Mudahnya, minta saja sampel yang terbukti positif dan sample yang terbukti negatif dari otoritas Cina untuk kita gunakan sebagai sumber validasi.

Dalam kasus wabah COVID19 saya pribadi menyukai cara klasik yaitu sequencing sebagaimana yang dilakukan oleh Eijkman. Teknik sequencing memang old school dan memang tidak se-sensitif real time PCR. Ini dilemanya. Tapi teknik sequencing ini spesifik dan kita bisa mendapatkan gambaran sekuen dari virus SARSCov2 ini yang memiliki kemungkinan adanya variasi yang berbeda dari SarsCov2 di negara lain sehingga kita bisa tracking evolusinya dan dampak terhadap penyakit yang ditimbulkannya.

2. Kondisi spesimen

SARS-Cov-2 ini adalah virus RNA penyebab COVID19. Sebagai materi genetik, RNA tidak se-stabil DNA, karena RNA mudah terdegradasi oleh enzim RNAse. Sedangkan DNA sendiri jauh lebih stabil terbukti fosil dinosaurus masih bisa kita ekstraksi DNAnya sehingga bisa kita bikin Jurassic Park (hehe becanda, tetapi tujuan saya menunjukkan stabilnya DNA sehingga menginspirasi Michael Crighton menulis novel sci-fi Jurassic Park).

Oleh karena itu penting untuk memastikan sampel dari rumah sakit masih utuh virusnya. Perlu dikaji apakah ada tahapan proteksi atau preservasi supaya RNA dari virus tidak terdegradasi sebelum mencapai litbangkes. Kasus 2 warga yang terbukti positif kemungkinan terdeteksi karena viral loadnya tinggi dan juga lokasinya dekat (Depok-Jakarta).

Dalam panduan CDC, pengiriman sampel harus di packing dalam suhu 4C overnight (maknanya biasanya 16 jam). Di indonesia, pengiriman overnight itu bisa jadi terkendala kemacetan, dan juga memastikan suhu tetap dalam kondisi 4C tidak mudah. Kuatirnya, integritas specimen sudah buruk ketika mencapai Litbangkes sehingga memberikan hasil negatif palsu. Ingat kita ini hidup di negeri kepulauan yang memang memiliki tantangan transportasi.

3. Sampling (Frekuensi dan Sumbernya)


SarsCov-2 ini memang tantangan untuk ditemukan bahkan pada pasien yang memiliki kondisi suspek COVID19. Maka dipikirkan citra radiologis (penampakan ground-glass) sebagai alternatif diagnostik ketika hasil tes PCR negatif. Tantangan sampling adalah di timing, karena bisa jadi virus mulai muncul beberapa hari kemudian, atau muncul cepat lalu menghilang. Demikian juga sumber samplenya apakah dari usapan tenggorokan, usapan hidung, sputum/dahak, bronchoalveolar lavage (BAL) bisa memberikan hasil tes yang berbeda.

Sebenarnya ada hikmah dibalik kejadian ini, yaitu potensi untuk memajukan dunia ilmu pengetahuan dan kesempatan memperkuat infrastruktur sistem kesehatan kita. Jangan sampai justru kualitas keilmuan dan layanan kesehatan menurun...

0 Comments